经过了数千年，太阳神再次复活，回到地上。他为了要惩罚世人，执行神的旨意，要地面被洪水淹没，重新创造一个属于神的世界。他还主动地找雅典娜，要求她一起统治新的世界。 这时，星矢等人来到找沙织，却被太阳神的神斗士所阻止，而且阿波罗更以神力使到在十二宫中死去的黄金圣斗士复活。眼看着星矢被人毒打，沙织却无动于衷，还跟着阿波罗回太阳神殿。 原来，沙织因为看到阿波罗强大的神力，自知圣斗士跟本不是他的对手，希望自己可以暗杀阿波罗。可是最后却失败了，雅典娜反被阿波罗所杀。修罗和卡妙首先发难，但是却被三名神斗士围攻，力战而亡。 星矢知道女神已死，于是来太阳神殿找阿波罗算账，途中遇上阿特拉斯。毫无斗志，一心求死的星矢，很快便被阿特拉斯打败了。另一方面，紫龙、冰河和瞬也赶到。紫龙被迪斯马斯克的积尸气冥界波打进冥界，还看到正在走向黄泉尽头的沙织，他于是使出庐山升龙霸的真正实力把迪斯马斯克击倒，可是却中了巴里尼健的偷袭。瞬遇上阿布罗狄，更被他的白玫瑰刺中，这时凤凰的羽毛出现，一辉打败了阿布罗狄后也中了阿特拉斯的重击。冰河安全的到达太阳神殿，因为不愿意为雅典娜制造冰棺而与巴里尼健对决。冰河打倒巴里尼健后也身受重伤。星矢再次站起，从撒加的口中知道要救沙织，必须切断阿波罗引领沙织走向黄泉的小宇宙，即是说还有一线的希望。撒加要星矢离去，自己则对付撤奥，并与他同归于尽。 五人来到阿波罗神殿，但被阿特拉斯一一击倒。不过，从不放弃的星矢，穿上人马座黄金圣衣，而紫龙及冰河也分别穿上他们师父的天秤座及水瓶座黄金圣衣。他们打败阿特拉斯后被阿波罗的小宇宙攻击，只有星矢避开了。星矢虽然不能伤害阿波罗，但却以小宇宙的力量救回雅典娜。星矢从新掁作，发挥超越神的力量，一箭射倒了阿波罗。这颗巨大的太阳，最终也落下去了。