《和谐》发生在《虐杀器官》结束后数十年。经历了「大灾祸」的世界动乱，人类终于实现以医疗经济为架构的全新社会，在全新统治机构「生府」的管理下，人人过着健康良好的日常，然而和平底下却是用纳米机械来监视人体的可悲生活，此时三名少女踏上了反抗这一切的道路。